Нарвский железнодорожный вокзал находится в историческом здании в непосредственной близости от автовокзала и на расстоянии 1 км от центра города и пограничного пункта. Ежедневное железнодорожное сообщение у Нарвы с Таллинном (через станции Йыхви, Раквере и другие).
Быстрые современные дизельные поезда просторны, дружелюбны к детям и велосипедистам, имеют допольнительные удобства и предлагают пассажирам поездки на выбор в двух ценовых классах. Пассажирам первого класса предлагаются зарезервированные места с дополнительно регулируемыми сиденьями и столиками. Вагоны второго класса просторны и вместительны, однако в них нельзя забронировать себе конкретное место. Заполненность поездов пассажирами самая высокая вечером в пятницу и воскресенье. Билеты можно купить в интернете на сайте Elron или прямо в поезде.